Für die Untersuchung wird der Rachen örtlich betäubt. Auf Wunsch kann der Patient auch mit einer leichten Narkose in einen Dämmerschlaf versetzt werden. Ein Mundstück zwischen den Zähnen verhindert ein Zubeißen. Anschließend wird ein spezielles Endoskop, das sogenannte Gastroskop, über die Zunge in den Rachen und weiter in die Speiseröhre, durch den Magen, bis in den zweiten Abschnitt des Zwölffingerdarms vorgeschoben. Während der Gastroskopie werden meist auch Proben entnommen. Eine Magenspiegelung dauert durchschnittlich nicht länger als zehn bis fünfzehn Minuten.